嘉靖年间因思恩土府土官岑濬屡出兵侵掠邻境，明朝出兵征讨，杀了岑濬，改设流官知府。

明朝的改土归流主要在贵州、四川、云南、广西4省进行，其它地区的改流并不突出。

明代的改土归流总的说是不彻底的，并曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。

这是因为明代土司制度还处在全盛时期，一方面土司制度对明王朝的统治还能起到一定的作用。

另一方面土司势力还比较强大，可以利用群众的力量起来反抗改流。

同时明代改流的土司地区，大部分处于地主经济兴起的时期，还未能彻底战胜领主经济，就是说土司统治的社会基础还没有受到根本的破坏，明王朝也没有力量对改流地区进行完全的控制，决定了明代改土归流的不彻底性和反复性，改土归流就只有在条件完全成熟的清朝才能彻底进行。

因此改土归流贯是通于整个清朝的事情，可以说在整个清朝的统治过程都在进行，大体可以分为3个阶段:

首先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年雍正三年。

清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条件改流的土司趁军事胜利改流。

1659年顺治十六年吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。

1664年康熙三年贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。

1665年康熙四年云南新兴州今云南省玉溪土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴三桂镇压后，废除了这些地区的土官，改新兴、宁州为流官知府，在教化、王弄山、维摩等原土司地区设立开化府，委派流官管理。

1723年雍正元年将云南丽江土府改流。

1724年、1725年又将云南威远、姚安等地改为流官知府。

在广西，清朝于1663年康熙二年将镇安土府改置流官通判。

1719年熙五十八年废思明土司黄氏，改设流官。

这是清朝改土归流的初期阶段。

其次是进阶阶段，1726年雍正四年鄂尔泰任巡抚云南兼云贵总督事后，向清政府提出了全面改土归流的计划，开始了大规模的改土归流活动，改流进入大规模时期。

在这一阶段清政府根据不同地区、不同情况和土司的不同表现，采取了区别对待的不同策略进行改土归流。

1边远地区与内地的区别，认为在内地的土司可改流，虽在边远地区但实际和内地一样的也可改流，边远地区则暂时保留土司统治，即先改内地条件成熟的地区，后改边远地区。

2在云南改流是以澜沧江东西为分界线，澜沧江以东必须改流，澜沧江以西的土司暂予保留。

3奉法与不法的区别，清朝对罪大恶极违抗朝命的土司首先改流，对守法的能抚绥其民的与流官州县循良相同的土司则不改流，只使其向化。

清朝在改土归流的高潮时期按照剿抚相兼兵威并举和3种不同区别的策略，采用以下几种方式改流: