1431年宣德六年因永从蛮夷长官司土司死后绝嗣，无承袭者而被改为永从县。

1444年正统九年因施秉蛮夷长官司地区苗族反抗被镇压后，改设施秉县。

正统年间流官势力已深入控制了安顺、普定，这些地区实际上已经改流。

1497年弘治十年由于金容金达蛮夷长官司土官“何伦父子罪死”，改设流官。

1612年万历四十年金筑安抚司土舍金大章请求改流，改金筑安抚司为广顺流官州。

1628年崇祯元年在贵州宣慰司的宋氏洪边十二马头水东地区地区设开州今贵州省开阳流官州，水西地区安氏势力已经衰落，流官实际已控制了贵州宣慰司土司地区。

明朝在四川的改土归流是从弘治年间开始的。

1495年弘治八年马湖“土知府安鳌有罪伏诛”，遂改马湖土府为流官知府，但知府驻地以外的泥溪、沐川、平夷、蛮夷4长官司仍然是土司的势力范围。

1573年万历元年明军剿平山都掌地区的水都、山都后，改该戌县为兴文流官县。

1600年万历二十八年明朝在镇压了播州宣慰使杨应龙的反叛后，“分播地为二:属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，原属播州宣慰司的2安抚司、6长官司亦同时全改设流官。

1623年天启三年由于永宁土司奢氏长期侵夺邻境，并发动叛乱，明朝在镇压了奢崇明的叛乱后，将永宁宣抚司改土归流。

明朝在云南的改土归流是从正统年间开始的。

1443年正统八年鹤庆土府土官高氏长期“屡逞凶恶，屠杀士庶”，并不断发生争夺土司职位的仇杀，于是明朝便宣布高氏领地内“户下人口收籍当差，止令流官管事”，改鹤庆土府为流官知府。

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1477年成化十三年由于寻甸土府土司统治势力的衰落，土官为保其统治而发动叛乱，加上土司家族长期为争夺土司职位而仇杀，导致土官统治的灭亡，明朝借机将寻甸土府改为流官知府。

1481年成化十七年因广西土知府昂贵有罪革职，改为流官知府。

1553年嘉靖二十二年元江土司那氏族人争夺土司职位，被明军镇压而在元江第一次设流官知府。

1567年隆庆元年在平定武定土知府凤继祖的叛乱后，改为流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。

1597年万历二十五年顺宁土知府猛廷瑞与其兄争夺土司职位，被诬告为反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改为流官知府，并改大侯土州为云州流官州，隶属顺宁府。

明代在广西改流较早，从洪武年间就开始了。

据统计整个明朝在广西地区改土归流共16处。

1368年洪武元年将忻成土司改为流官知县;1505年弘治十八年上思州黄姓土司“叛服无常”，被明军讨平后改设流官知州。