首先自然是武力改流，清政府认为世代拥有土地、人民、武装的土司，要他们“去封号、徼兵械、纳土称臣，解甲归田，帖然受命改流，是不可能的事。

故鄂尔泰受命之日，即移兵攻贵州广顺州之长寨，终于古州，首尾用兵凡五六载”。

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清朝首先对东川、乌蒙、镇雄3地用兵，最后改置乌蒙、乌撒、镇雄、东川4流官知府。

继后，对云南镇源、威远、恩乐、车里、茶山、孟养等处用兵，将这些地区改设流官。

1726年雍正四年二月鄂尔泰出兵攻贵州广顺州长寨，长寨是滇、黔两省苗、彝杂处之地中势力最强大的土司，故鄂尔泰在贵州改流之始首先对长寨用兵，前后用兵3年，设流官统治地区计有1298寨，5978户，男妇口，地方600公里。

1727年雍正五年闰三月出兵谬冲，谬冲是黔、楚之交界处花苗中最强大者，鄂尔泰攻下谬冲之地后，将其地一部分归黔省黎平府，另一部分归广西怀远县管辖。

从1728年至1730年雍正六年至八年对贵州八寨、丹江、九股、清水江、八万古州等地用兵，尔后将这些地区改置流官。

1728年雍正六年清朝出兵攻下广西八达寨改归西隆州管辖。

1731年雍正九年清军又攻下广西邓横寨，将其地改流。

以土司“贪劣”、“不法”而改流。

这种情况以广西改流为最突出，如广西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州赵康祚、小镇安土巡检岑绳武、下龙司土巡检赵墉等人均以贪暴专横不奉法而被废除，改置流官。

至于土司主动请求改流的话，种情况多发生在湖北、湖南两省土司中，原因是这些地区土司大都接近于内地，受到汉族地主经济的影响较多，而清朝在雍正年间西南地区的大规模改土归流对湖北、湖南的土司震动很大，在形势所迫之下，大部分土司皆主动要求改流。

1728年雍正六年永顺“宣慰使彭肇槐纳土，请归江西祖籍”，遂改永顺司为永顺府。

1727年雍正五年南渭州土知州彭宗和上溪州土知州张汉儒即纳土，施溶州土知州田永丰亦纳土，错若峒、麦着峒、田家峒、驴迟峒等长官司土官皆纳土，请求改流，清朝将以上各地归入永顺县。

同年，白岩峒长官司土官亦纳土，将其地划归龙山县。

以土司因互相仇杀，互争不息而改流。

湖南桑植土司向国栋，长年与容美、永顺、茅冈各土司仇杀，民不堪命，于1726年将其地改为桑植流官县，属永顺府，广西上林长官司长官等人互相仇杀，被改设流官。

到1731年雍正九年改土归流高潮结束，基本上完成了清政府予期改流任务，大部分土司地区皆改为流官统治，先后招抚讨平贵州苗瑶寨2000余，缴纳广西土司敕印和军器2000余件，云南澜沧江以东普遍设立流官知府，湖北、湖南大部分土司“纳土”，故史称“自四年至九年雍正四年至九年蛮悉改流，苗亦归化，间有叛逆，旋即平定”。

最后就是改流的末期阶段，怎么说呢，清朝改土归流的末期阶段，是从1732年雍正十年经乾隆最后到清朝末年的宣统年间。

这一阶段是在原改流的基础上，对尚未改流的土司继续不断的改流。

在云南对澜沧江以西沿边土司不断改流。