第一、第二镇是今后和清军作战的主要力量，第三、第四镇则是稳定后方，如此镇将人选自然有所区别。炮镇为攻击力量，战时随同第一镇、第二镇活动。周士相拟日后炮兵规模扩大后，即在每镇军下设炮旅，以加强步军镇的火力攻击。

靖南藩下汉军和藩下汉军一半都选入第一镇，镇将以下军官任命是相互挟制，如藩下降将任靖南藩下降兵的队正、卫尉，同样靖南藩下降将任藩下降兵的队正、卫尉。原先两藩麾下将领协领以上军官全部被发落到兵备讲武堂充教官，或是改为文官，只低级武官得以任职。这两镇军官的任命营尉以上军官多是太平军出身，营尉以下降将占了一半多。

原先在香山永乐乡的水营也调至广州，在珠江原清军水师驻地长洲岛设太平军水营，此地即几百年后黄埔军校所在地。

水营兵额暂定为5000人，不过因水营缺少战船，短时间无法承担作战任务，故周士相请凌海将军陈奇策调遣所部水师战船一部移至长洲岛，确保珠江为明军所有。同时为陈奇策这部水师提供粮草供应，并遣人向他们学习水师战法。

已和朱统占有肇庆的陈奇策爽快答应周士相请求，派偏将郑成魁领40余艘战船进驻长洲岛，并送给太平军12艘战船。此举让周士相大喜过望，12艘战船虽然很少，但却意味着水营不再是内河水师，而是能够在珠江上甚至狮子洋上行动的“海军”了。

水营镇将由周士相亲领，他给宋襄公压了任务，让他无论如何也在一年以内建好太平军的造船厂，最迟两年内太平军必须能够有自己造出的战船下水。强大的郑氏水师一直是周士相所眼红，所妒忌的对象，奈何水师太吃银子，也太耗精力和时间，且眼下还不是决定战场的力量，故周士相只能先行发展步军，待取得南方数省或江南全部以后，方再着手进行“海军”。

周士相于广州王府成立军帅府，设亲兵，选全军身高1米七以上锐兵充任，选800，制铁甲，号铁人卫。铁人卫指挥由瞎子李担任，职同参将衔。