终于，在桓玄称帝几个月后，刘裕率北府军起事，宣布讨伐桓玄。他攻占京口，杀死徐兖二州刺史桓修。

接着，刘裕大军进攻首都建邺。桓玄挟着平固王司马德宗逃到江陵。

刘裕进驻建邺，被推举都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。一时权势熏天。

刘裕派冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，继续紧追桓玄。

桓玄队伍抛下晋安帝及前后后宫所有人，只领少数人逃入益州。

在益州，他身边人陆续战死。

最后，桓玄被益州都护冯迁杀害。头颅被传回建邺，挂在城头。

刘裕迎回前晋安帝，恢复其皇位。

刘裕以晋安帝名义传诏，任命司马遵为侍中、大将军，坐镇中枢，总揽百官。

又举荐前丞相王导之孙王谧为扬州刺史、录尚书事，依靠他处理朝廷事务。

刘裕自己统帅军队、负责对外作战。

这时，实际掌控广州的卢循派人给刘裕送来贺礼、贡品；放回前广州刺史吴隐之。

晋国朝廷便下诏封卢循为广州刺史，承认他的掌控权。

过了不久，处理朝廷事务的王谧去世，刘裕被推举入朝辅政。成为掌握军政大权的朝廷实际掌控者。

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刘裕当权的时代，吴地八郡五斗米教没有教主、舵主、堂主级人物，几乎完全消停了。