但欧洲人的到来也带来了疾病的传播。如同在美洲大陆发生的悲剧一样，波利尼西亚人对许多欧洲疾病毫无免疫力，如天花、麻疹等传染病在岛上迅速蔓延，导致大量人口死亡。这种人口的锐减对波利尼西亚社会结构产生了巨大的冲击，许多传统的社会秩序和文化传承面临中断的危险。

与此同时，欧洲人的文化观念也开始影响波利尼西亚。基督教传教士随着商船和探险队来到这里，他们积极传播基督教教义，试图改变波利尼西亚人的宗教信仰。在传教士的努力下，许多波利尼西亚人逐渐接受了基督教，这使得当地的宗教文化发生了根本性的转变。传统的神话传说、祭祀仪式等在基督教的冲击下逐渐式微，一些古老的文化习俗只有在少数偏远地区或特定的文化活动中才能得以保留。

从波利尼西亚的遭遇延伸开来，这一时期更是两个半球碰撞的时代。欧洲航海者的探索不仅仅局限于太平洋的岛屿，他们的船只跨越了大西洋，到达了美洲大陆，从而开启了东西半球文明之间的全面碰撞。