这仗断断续续，前后打了近七年，前两次大战沉重的打击了噶尔丹的统治地位，康熙三十六年（1697年）二月，康熙第三次带兵渡过黄河亲征。

这时，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦趁着后方空虚，占领了噶尔丹的根据地伊犁，并且夺取了他控制下的哈密，切断了他的退路。

消息传到了前线，噶尔丹军中人心大乱，部属们纷纷投降，噶尔丹众叛亲离，兵败流窜一年后，在走投无路之下服毒自尽。

康熙三次亲征噶尔丹，并没有清朝自己宣扬的那么辉煌，充其量只是打了几次自卫反击战，成功阻止了准噶尔的东进，将被夺走的喀尔喀蒙古重新并入了版图，没有攻占漠西卫拉特蒙古的一寸土地。

康熙三十七年九月，策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹的尸体并向清朝臣服，继任了准噶尔部的台吉。

康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦在伊犁河北岸建固勒扎都纲（金顶寺），所以后来清朝称这个地方为固勒扎（今新疆伊犁自治州首府伊宁市）。

在策妄阿拉布坦的统治下，准噶尔部又逐渐的强大起来，再一次走上了反叛的道路。

康熙五十六年准噶尔出兵西藏，攻占了拉萨，康熙五十七年清廷出兵自青海入藏平叛，这一对老冤家又开始了断断续续，旷日持久的战争。