清顺治三年（1646年），卫拉特蒙古各部首领联名归顺清朝，成为清朝的藩属。

然而好景不长，清康熙十五年（1676年），逐渐强大起来的准噶尔部首领噶尔丹打败了时任卫拉特盟主的和硕部首领鄂齐尔图汗。

此后，他一步步的将原本松散的联盟体制变为中央集权的体制，把自己作为准噶尔部首领的台吉地位上升为汗王，于清康熙十七年（1678年）正式建立准噶尔汗国。

从此改变了卫拉特与清朝的主从关系，标志着卫拉特蒙古的重新独立。此后，准噶尔汗国在葛尔丹的带领下走上了扩张的道路。

康熙十七年出兵南疆，占领叶尔羌汗国；康熙二十七年（1688年），葛尔丹又突然率兵越过杭爱山（古称燕然山），大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部向南迁移。

康熙二十九年（1690年），噶尔丹又率大军进攻漠北喀尔喀蒙古，这一下可逼得康熙不得不出手还击了。

这时的清朝，已经从被三藩之乱折腾得半死中逐渐恢复了元气，又通过两次雅克萨之战，于康熙二十八年与沙俄签订了中俄《尼布楚条约》，划定了中俄东段边界。

暂时平息了与罗刹国的纷争，终于可以腾出手来对付噶尔丹了，于是就有了自康熙二十九年开始的三次亲征漠北。