朱由崧按照卢九德的建议，除了给江北四镇和左良玉封侯之外，只冷眼旁观，一概不表态。

待朝臣们争执了多日，总算确定了内阁人选，朱由崧只管依据朝臣们所议定的予以任命，史可法兼任礼部尚书，仍然掌管兵部，马士英仍然督军镇守凤阳。

马士英一心要做内阁首辅，不想竟是这样的结局，大怒，竟带兵入见朱由崧，把史可法当初提出不立朱由崧的七大理由进呈给了朱由崧。

朱由崧早就知道，不过在装糊涂，不想马士英恼羞成怒居然把这事儿给挑明了，免不了左右为难。

亏得史可法唯恐引起内讧，又选择了妥协，自请统率军队，外出镇守淮安、扬州两地，争论才终于告一段落。

时间已到了五月十五日，朱由崧即皇帝位于武英殿，以次年为弘光元年，封前来辞别的史可法为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。

对于朱由崧的表现，史可法显然无法满意，动身后，即派遣使臣寻访已故帝、后的灵柩以及太子、二王的下落，并前往祭告凤、泗二陵。

马士英大权得握，迫不及待地把江北划分为四镇，东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，经理开、归一路；总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，经理陈、杞一路；靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，经理光州、固始一路。

随后，马士英再次提出启用阮大铖，又遭到了东林党人和礼部尚书张慎言的坚决反对。