巴拿马运河系统共有12个船闸。

从太平洋入口处到运河，第一组船闸被称为米拉弗洛雷斯船闸，这是一个两级船闸，能使船只提升或降低1645米。

然后是佩德罗米格尔船闸，这是一个一级船闸，能将船只提升或降低94米。过了佩德罗米格尔船闸，通过库莱布拉水道就来到了加通湖。

最后一道船闸就是加通船闸，它是一个三级船闸，能将船只提升或降低259米，并通向大西洋。

所有三组船闸都是成对的，从而至少在原则上确保船舶能以相反的方向通过。

可能有人会疑惑为什么弄这么的船闸搞的这么麻烦，直接把巴拿马运河挖通，建成像苏伊士运河那样的平面式水道岂不更方便？

有一种说法是巴拿马运河中间有淡水湖泊，万一打通了湖水换成了海水会破坏当地的生态环境。