首先是对杨育新的处理。虽然行政院己经下令，暂停杨育新的职务和工作，但并没有对外公布，现在上海新区仅仅只有少数高层官员才知道，其他人都一无所知，而对外只说杨育新在医院里接受治疗。但上海新区现在正是混乱的时候，一把手也不能长期不露面，必须要尽快有个明确的说法。

不过这一条到是没有太多的争议，很快就决定正式公布杨育新因涉嫌日本间谍，将免除一切职务、工作，接受调查，青岛行政院将成立上海新区专案组，全面负责对杨育新的调查工作。

白流苏的日本间谍身份己经确定，那么杨育新就有不可推脱的责任，至少也是失察，而且由于杨育新在家中无意间泄露了专项工作组抓捕马芮成、围剿日本间谍的计划，让白流苏上报，促使日本间谍提前发动对上海新区的恐怖袭击，给上海新区造成了重大的损失。这对杨育新来说是严重的失职行为，因此无论结果如何，杨育新的政治生涯是肯定结束了，而且很有可能会追究刑事责任。既使是在行政院里有不少人看好杨育新发展经济的能力，但这个时候也帮不了他了，将杨育新免职，也是完全应该的。

当然有杨育新在前面顶缸，那么这次上海新区“56恐袭事件”，安全部的责任就要小得多了，不过安全部主要是负责安全方面的事务，不是执法、检查机构，而对杨育新的调查，显然不会限于安全方面，还包括施政、作风、经济等，而且行政院也有意借调查杨育新的机会，对上海新区进行一次全面的整顿。

由于上海新区是华东政府的一块飞地，远离中心，而且华东政府刚刚成立，百废待兴，各种制度都不完善，因此上海新区也颇有一些天高皇帝远，神仙管不着的意思。尽管经济高速的发展，但随之也滋生出一些乱像，并且早己由工作组传到了青岛，引起了行政院的注意。