而进入1904年之后，情况又发生了变化，因为华兴会、光复会的重要成员先后都来到日本。

华兴会的创始人黄兴原是日本留学生，在日本学习军事。1903年为抗议沙皇俄国侵占中国东北，黄兴组织200余名日本留学生成立拒俄义勇队，想开赴东北，但被清廷强令解散。因此黄兴对清廷彻底失望，主张武力推翻清廷。同年7月，黄兴回国与陈天华、张继、刘揆一、宋教仁、章士钊等人创立华兴会，被推为会长。并筹划1904年在长沙发动起义，但事情败露，于是黄兴、宋教仁等人逃到日本，寻找志同道合者。

而光复会则是一个以江浙一带的地方势力组成的革命团体，人员结构十分复杂，知识分子、商人、工匠，少数开明地主士绅、地方帮会等，而且政治主张也较为激进，除文字宣传外，更以暗杀和暴动为主要革命手段。光复会成立之后，也是到日本去寻找可以联合的伙伴。

其实在华兴会、光复会成立之前，不少成员都互有，也和兴中会有来往，有一些人甚致有双重的身份，这也是华兴会、光复会成立之后，都到日本来的主要原因。