次日张四维向天子上书言内阁无人，运作不便，请申时行早日回阁视事。

天子命太医看视申时行后，命他复出视事。

申时行虽重返内阁，但朝堂上言官清算张居正之势，却没有中止。

对于魏允贞弹劾，天子下令将张懋修，张嗣修二人从翰林院改调其他衙门，如此就是否定了他们二人在往年会试中取得的三鼎甲名次。

之后天子又御览大理寺所上游七、冯昕等狱词大怒。

天子下诏夺张居正上柱国太师兼太子太师，削张居正之子锦衣卫指挥张简修为民。‘

之后游七、冯昕，徐爵，冯昕等尽数被锦衣卫严刑拷打，一一死于诏狱之中。

张位，赵志皋，习孔教等遭张居正贬官的翰林，重新返回翰林院。

申时行上本请补沈一贯，于慎行为日讲官，替代下诏狱的陈思育，以及被贬的张嗣修，天子下诏答允。

镇守蓟永等处总兵官少保兼太子太保左都督戚继光，被改为广东总兵。

蓟镇总兵，镇守京畿，手下强兵劲旅无数，可谓天下第一总兵，戚继光调去广东，也是受到了清算张居正之事的波及。