回到福州之后，朝中的侯玄演和兵部尚书姜建勋商议一番，一致认为是否绕过澎湖直取东番岛才是好主意。

命令传到福州，施琅奋笔疾书，写下洋洋洒洒万字奏章。陈述东番本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖是其外围防御的唯一屏障。澎湖一旦攻陷，东番岛不攻自破。

侯玄演深夜召集几个曾在福建为官的大员，一番讨论之后，大家各执一词。

最终侯玄演拍板决定，将在外君命有所不受，施琅竟然执意先取澎湖，自己就不微操了。二战时苏德战场的例子告诉侯玄演，哪边的最高统帅插足战争的指挥，自己这一方势必要蒙受巨大的损失。后来的蒋中正，又一次证明了这一点。

侯玄演对海战一无所知，他唯一一次在登莱出海，还有些晕海。那是对无尽的蓝色最深的恐惧，因为任凭你权势滔天，在海上的天威面前，也将无能为力，化身为最渺小的存在。

得到了侯玄演放权的施琅，更加坚定了报效朝廷的心思，九月下旬日本来的援兵及时赶到，松江、登莱、福建三大水师联手，再一次誓师出海。

施琅率领大型战船三百余艘、水兵四万余人、五百余艘中小战船，从福建东山岛扬帆启程，进逼澎湖。