熊廷弼当初被斩首弃市，传首九边，抄家追赃，家人或辱或死。朱由检认为这样的处置太过了，着恢复其名誉，返还田宅，赠与金银，允许熊廷弼次子熊兆璧收敛尸骸，归还头颅。

妻子陈氏封为三品诰命夫人，熊兆璧荫锦衣卫百户，罢免江夏知县王尔玉。

当然，熊廷弼之死跟阉党也脱不开关系，从感性上来说，应该把魏忠贤给砍了，但从理性来讲，魏忠贤还有用。

而且，杀二品文官，魏忠贤还没有那么大的权力，最根本还是出于皇帝的意志，也就是木匠哥哥的命令，子不言父过，继承了哥哥的皇位，朱由检也不能指责自己的哥哥。

但皇帝也不能乾纲独断，熊廷弼论死是三司审判的结果，他脾气臭，把朝中大臣都得罪了一轮，翻案归翻案，要是追究当初判案人员的责任却很难做到，一旦开了先例，就会使得人人自危，很无奈也很现实，朱由检也只能尽力补偿一下熊廷弼的家人。

如果他早一点当皇帝，或者熊廷弼没死，倒是可以尽量拉他一把，毕竟“将功折罪”这个箩筐，什么罪都能兜得住。

马林当初被判为“畏敌先遁”，后守开原的时候，父子三人战死，死后没有被追责也没有追赠。朱燮元认为他并不是畏敌先遁，是在苦战之后，得知友军全军覆没，才选择率领残兵撤退。

朱由检同意了这个观点，追封马林左都督，第三子马爌承袭父功，从原本的辽东游击为昌平参将，分守天寿山，负责整备陵卫军。