因为当时的大明和吕宋等地有着海贸往来，所以消息很快传到了大明，传到了万历皇帝耳中。这位谥号“神宗”的陛下无比暴怒，下旨：“嶷等欺诳朝廷，生衅海外，致二万商民尽膏锋刃，损威辱国，死有余辜，即枭首传示海上。吕宋酋擅杀商民，抚按官议罪以闻。”

然而，因为三大征消耗了大明大半国力，加上万历皇帝很快去世，于是发兵讨平吕宋的计划不了了之。主持朝政的内阁官员们甚至认为跑到吕宋的华人都是商人，而商人是不值得朝廷为之动武。是谓“中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革，弃之无所可惜。”

听到这里，周士相暗自摇头，他发现黄昭等人对此事的看法倒和当年那些官员差不多，也认为朝廷不当为商人兴师动武。想到这个时代的所谓“士农工商”，根深蒂固的思想观念绝不是短时间内能够改变，故而周士相也没有就此多说什么。

西班牙人针对华人的第二次屠杀发生在崇祯十二年。当时吕宋等地的华人因为西班牙人的横征暴敛再次暴动，不过最后遭到失败。事后，连已经皈依天主教的许多华人都惨遭西班牙人杀戮，死难者计有五万余人。由于当时大明王朝已经风雨飘摇，自顾不暇，所以这件事没有在大明引发半点波澜，恍若从未发生。

郑袭想起一事，道：“齐王，永历十一年时，大兄曾致函给爪哇岛巴达维亚的一位华侨甲必丹，要求他停止与吕宋的西班牙人做生意。并且大兄在时，曾多次表达对吕宋华人遭遇的愤慨，提出要率兵攻取吕宋，惩罚西班牙人。”

在海战中受了点轻伤的刘国轩亦道：“这件事末将也是知道的，不过当时藩主正在准备北伐之事，实在是抽不出兵马远征，后来藩主在南都挫败之后回到金厦时，还为吕宋的事发过火。”