补充兵源都是渡江以来在历次战斗中被俘及投降的清军，以绿营和汉军为主。对于降军处置，周士相依如从前要求，严令将不领兵，兵不归将，即原先的清军各级军官（把总以上）全部押到南京及镇江，不能直领本兵于太平军中任职。士兵则分散补入各镇，先由各镇安军使组织进行思想改造，并进行为期十五天的入营训练，之后再由各镇统一分发至卫、队。

押到南京和镇江的清军中高级将领，则进入军事改造班学习，视其能及表现斟酌使用。对于犯下过屠城罪刑的清将（千总以上），且不是反正而是被迫投降的，周士相给下面的意见是一律明正典刑，不得纵容宽大。对于主动反正的清将，周士相给出的意见是愿卸甲者，给予钱财补助，许其归乡。仍愿于军中效命的，则按原官降级使用。降级标准以其反正所立功劳大小定。

如淮安参将陆如龙因反正有功，现安排为江北军第三镇千户，兀儿特、功间色、岳得济等反正两白旗将领则给予北地总兵以下官职（代领），伺将来大军北上收复这些地方后，则予以实领。只因受于形势不得不反正，反正之后寸功未立者，如扬州城中一干汉军绿营将校，则斟酌使用。