尚可喜在得知新会大败后，没有斥责自己的儿子，而是立即调了3000兵进驻三江口，一方面收拢溃兵。一方面则提防新会明军趁势夺取三江口。如果说新会是广州的南大门，那三江口则是跨过广州的门槛，也是广州的最后一条防线。三江若失，广州再无险要。

同时，尚可喜又命肇庆总兵许尔显派兵堵死了肇庆至新会的交通要道，又下令调潮州总兵吴六奇所属的本部舟师至广州。欲组建新的广东水师以应对陈奇策部水师。

清军失败的消息并没有掩盖多久，很快广州城内就知道了清军在新会的战败，同时知道夺取新会的是明朝的凌海将军陈奇策和他的水师，反而真正夺取新会的太平军和其首领周士相的名声不显。对此，周士相倒不在意，本来他的太平军实力就较弱，他本人在永历朝廷又没有合法身法，被人忽视也是正常。他倒是很乐意广东境内人人都知道凌海将军的名号，也更愿意陈奇策的水师被广东清军当成劲敌，而不是他的太平军。

当日周士相决定让出新会城未尝没有让陈奇策钉在新会替太平军吸引清军注意的算盘，从战略上看，新会比香山更加重要，尚可喜能容忍太平军在香山活动，却绝不能容忍新会被明军占领，尤其是被一支拥有水师的明军占领，这意味着其他沿海地区的明军都可以通过谭江向新会聚集。

卧塌之侧岂容他人酣睡，尚可喜再是轻视明军，也不可能真的对聚集新会的明军掉以轻心，更何况出现在新会的明军还牵制了他的西进计划。他已令班志富重新部署，将本决定派往肇庆西进的兵马撤回，只待各地运到的粮草到齐，便再次攻打新会。

王对于新会的失败已经无法容忍，为了调集所需兵马和粮草，他除了力压耿继茂抽调藩下兵马供他指挥外，还不惜自承失败向北京上奏，请求朝廷派遣真满州大兵南下。当然，他在奏疏上强调得是此次南明孙、李二贼内讧，正是天赐予大清的最好良机，他尚可喜一心报效大清，愿以藩下全部力量西进，为大清夺取新的土地和人口，但限于他藩下兵马本就不足，又在新会城下因为轻敌遭到失败损失了一些人马，故而还请朝廷能派真满州南下广东支援于他。