此后平、靖二藩挥师广东，大小征战上百，吴进忠所部每战都为先锋。斩获甚众。攻打广州之时，吴进忠更是自请所部十八勇士为入城先锋，趁夜骗开广州城门，为清军攻入城中立下大功。凭此功劳，吴进翼在尚藩麾下地位不断上升，虽不曾入镶蓝汉军旗，却可指挥旗兵作战，并且官阶也高升为了右翼总兵官。广州城内除二王藩下直属旗兵，总督府的督抚标兵，其余兵马名义上的右翼总兵官吴进忠都可指挥。

李定国二攻新会，平、靖二藩相继派兵入城防守，靖藩以平藩为首，平藩兵马则以汉军旗参将由云龙、右翼总兵官吴进忠马首是瞻。吴进忠自知身份不比由云龙这个汉军旗参将，因此守城事务不问大小悉向由云龙请示。

不过实际守城过程中，吴进忠却起到了至关重要的作用，因曾为农民军的缘故，他深知同为农民军出身的李定国大军攻城手段，几次凭借经验化解新会城危机，更是数次率领死士出城打退李定国的兵马，和由云龙一起成功守住新会城。