这时的司隶尉官品虽不高（位在比二千石的司直之下），却具有皇帝钦命持节使者的身份。

在武帝时期，司隶校尉督治阳石公主、决太子巫蛊之狱中，司隶校尉就充分运用了这一巨大的权力。

汉武帝置司隶校尉督察皇太子、三公以下百官，是历代统治者以低治高，以贱治贵的惯用手段；这是司隶校尉权势最重的时期。

在巫蛊之后，武帝感到司隶校尉权势太重，遂“罢其兵”，即剥夺了司隶校尉统率徒兵权，但仍保有皇帝钦命使者的身份，其任务是持节“督察三辅、三河、弘农”，这是司隶校尉职务、地位的第一次变化，也是司隶校尉向地方督察官转化的开始。

但三辅、三河、弘农属京师地区，也包括京师在内，故仍具有纠察、弹劾中央百官之权，仍是皇帝的耳目之臣。

在这一时期，由于有几位司隶校尉尽职尽责，“纠上检下，严刑必断”，致使“贵戚惮之，京师政清。”

这一时期的司隶校尉还是有相当高的权威，不过，司隶校尉的威权，全靠皇帝的支持、信任，得到皇帝的宠信，其权威足以压百官，得不到皇帝的支持，就成了百官攻击的焦点。

按司隶校尉的实际官职在九卿、三辅及京辅都尉之下，甚至也在承相司直之下，但在朝会时，却位居中二千石（九卿）之前，与司直并迎垂相、御史大夫，这也就是司隶校尉地位特殊之处。

盖宽饶在宣帝时任司隶校尉，“絮白公正，不畏强御”，“刺举无所回避”，“居不求安，食不求饱”，甚至将月俸之半以给吏民，使为耳目，侦察百官，因此出现了“公卿贵戚至长安，皆恐惧莫敢犯禁，京师为清”的局面。

但是，由于盖宽饶“所勃奏众多”，而“廷尉处其法”则“半用半不用”。

也就是说被司隶校尉盖宽饶所劾奏的人，并没有全部受到应有惩处，廷尉可以上下其手，有的依法制裁，有的则曲为迥护，由此可见，司隶校尉在解除兵权之后，虽在“司察之任”，有“举使之权”，然而已不能率徒兵直接逮捕人犯，处置人犯，其威权较巫蛊之狱时，已大大降低。

不仅如此，由于盖宽饶“直道而行，多仇少与”，树敌过多，最后因受政敌的陷害而入狱；其后，盖宽饶不甘受辱，而引刀自刎，这就是司隶校尉失去皇帝支持时的下场。

自汉武帝设置司隶校尉以后，其地位和职掌就不断的变化。

起先本来只是京师的太守，然后就是皇帝的钦命使者，持节、领兵可以奏弹、审讯和逮捕一切官僚和贵族。

中间一夺兵权，再夺符节，又去掉校尉头衔而单称司隶；最后取消了司隶校尉的设置；司隶校尉的地位每况愈下，但是，到了仲汉时期，司隶校尉的地位则日趋重要，其职掌则不断强化和多样化。

仲汉初年，光武帝去丞相司直，使司隶校尉获得更大的权势，朝会时和尚书令、御史中丞一起都有专席，当时有“三独坐”之称。

司隶校尉常常劾奏三公等尊官，故为百僚所畏惮，司隶校尉对京师地区的督察也有所加强，京师七郡称为司隶部，成为十三州之一，司隶校尉差不多就相当于州牧了。

司隶校尉的官秩是比二千石，论官级低于中二千石的九卿，当然更低于列侯和三公。

而司隶校尉在朝廷中与公卿们相处的时候，这也有明确的规定“司隶校尉诣台廷议，处九卿上，朝贺处九卿下，陪卿上。初除，谒大将军、三公，通谒持板揖。公议、朝贺无敬。台召入宫对，见尚书持板，朝贺揖。