乾隆四十五年（1780年），富察·奎林被调任为乌鲁木齐都统。在其任职期间，发生了一起引起争议的事件：骁骑校常福因杖毙披甲多罗而被富察·奎林弹劾。然而，乾隆帝认为多罗因为不孝之罪本应处死，因此指责富察·奎林误劾。这一事件反映了当时朝廷内部对于法纪的严格要求，同时也揭示了富察·奎林在处理此类敏感案件时可能存在的不足。

由于在乌鲁木齐期间未能有效监督各州县，导致出现浮报粮食价值的情况，富察·奎林再次面临责难。乾隆帝命令他将公爵爵位让与其叔父傅玉承袭。尽管遭遇了这些挫折，富察·奎林并未被完全放弃，他再次被任命为乌鲁木齐都统，并且随后迁任为伊犁将军，继续在边疆地区发挥着重要作用。

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然而，富察·奎林的性格中有着嗜酒和急躁的一面，这或许是他日后遭遇更多麻烦的原因之一。乾隆五十二年（1787年），参赞海禄上书弹劾富察·奎林，导致他被解职并押送回京接受调查。在经过皇子、军机大臣会同刑部的审理后，富察·奎林因擅自处死罪人而被判杖刑。另一方面，海禄的指控并非完全属实，他也因此受到了相应的处罚。