天聪五年（1631年）七月，后金开始设置六部，并命令有“榜式”称号的儒臣保留旧称，其他的改称“笔帖式”。宁完我敏锐地意识到这一变化的重要性，他认为国家需要完善的官制和明确的服色来规范官员的行为。因此，他 上书提出了定官制和分服色的建议。他指出，自古以来国家设置官职是为了避免混乱，确保政令畅通，而设置言官则是为了纠正帝王和官员的错误。他还强调了设置通政的重要性，以保证上下信息的通畅。宁完我的建议得到了皇太极的高度评价，并被采纳实施。

天聪六年（1632年）正月，宁完我对即将到来的军事行动提出了自己的看法。他认为，尽管皇太极计划在当年大规模进攻明朝，但应该警惕军队内部可能出现的贪腐和懈怠现象。他提醒皇太极要注意防止敌军趁虚而入，并建议在军事部署上要谨慎行事。同年三月，皇太极决定出兵讨伐察哈尔，宁完我则认为应当优先考虑攻取山海关，然后再回师攻克锦州。四月，当后金军队向西越过兴安岭，接近都勒河时，宁完我与其他文馆成员再次上疏，强调了南下攻打明朝的重要性。他们建议只携带少量蒙古士兵随行，并且严格禁止沿途劫掠，以树立良好的形象。这些意见最终被皇太极采纳，并且在五月于归化城的会议上宣布了相关的军令。

天聪七年（1633年）正月，宁完我进一步提出了关于朝鲜问题的看法，他认为朝鲜的交往日益疏远，明朝的和谈尚未确定，因此沈阳不宜长期作为首都，军事行动也不应拖延。他引用了历史上的例子，强调了抓住机遇的重要性，并指出先帝时代的大臣们是如何忠心耿耿地支持先帝，从而成就了大业。他还指出了当前大臣们存在的问题，呼吁皇太极采取措施激励他们更好地为国家服务。

宁完我还提出了一系列具体建议，比如翻译经典着作，改变选官制度，以及改进六部的工作方法。他主张翻译《孝经》、《大学》等儒家经典，并改进选拔官员的方式，以确保官员具备真正的才能。他还建议在六部中设立通事，以便于沟通，并强调需要建立一套适合当前形势的新制度，以适应未来可能的中原统治。

天聪九年（1635年）二月，宁完我再次提出关于举荐制度的改革建议。他指出，当前的举荐制度过于宽松，导致了许多不合格的人才被推荐上来。他建议实行连坐制度，即推荐人必须对其推荐的人负责，如果推荐的人表现不佳，推荐人也要受到相应的处罚。这一建议被皇太极采纳。