后来梁武帝上位后，其初国号未定，陶弘景引诸谶记，皆成“梁”字，上书武帝，告之“梁”是运符。武帝遂立国号为梁。武帝欲聘陶弘景入朝为官，辅佐朝政。他亲手写诏召之，并赐以鹿皮巾，后屡加礼聘，陶弘景终是不应。

梁武帝无法，只好时常将国家大事写成信件，派人送到曲山请教陶弘景，陶弘景看在多年好友的份上，也时常写信给梁武帝，指点政策。于是，朝廷与曲山间音信不断，陶弘景虽身在方外，却俨然成为了朝廷决策人物，当时人们都称他为“山中宰相”。

陶弘景知识渊博，精通天文历法，在药物、治炼、天文、地理、生物、数学等古代科技多个方面都有一定贡献，而以对于药物学的贡献为最大。

陶弘景是我国本草学发展史上早期贡献最大的人物之一。

在他生活的年代，本草着作有10余家之多，但无统一标准。

特别古本草书由于失效年代久远，内容散乱，草石不分，虫兽无辨，临床运用颇为不便。陶弘景担负起“苞综诸经，研括烦省”的重任，将当时所有的本草着作分别整理成《神农本草经》及《名医别录》。

进而把两者合而为一，并增收魏晋间名医所用新药，加上个人在这方面的心得体会。写成《本草经集注》七卷，共载药物730种。

并首创沿用至今的药物分类方法，以玉石、草木、虫、兽、果、菜、米实分类，对本草学的发展有一定的影响其内容为历代本草书籍收载，得以流传。

陶弘景整理医籍，十分尊重原作，决不乱涂乱改，即使有补充，也把自己的说法和原书的说法区分开来。