得到波导的勇者称号后，小智一行人在参加城堡内举行的舞会时，小智手中据说是波导勇者亚朗的权杖突然放出万丈光芒。

一只自遥远的过去而来，沉睡至今的宝可梦出现在了舞厅中。

路卡利欧，据说曾经追随勇者亚朗的波导宝可梦。

经过一番对话，发现路卡利欧所讲述的经历与传说不符的小智一行人得知皮卡丘竟然被梦幻带走了，决定前往世界初始之树寻找梦幻，带回皮卡丘。

一路上，经历了吵架、路卡利欧狗吃巧克力、时间之花等一连串事件。

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终于取得路卡利欧信任的小智一群人来到了世界初始之树面前。

然而，在那里等待他们的是......传说中的宝可梦，岩石巨人雷吉洛克。

如果只是雷吉洛克还好，路卡利欧说波导隐隐察觉到它的力量似乎被什么束缚着，所以他们才可以跟雷吉洛克周旋。

可是......天空突然暗了下来。

无数印着鲜红R标志的飞行器，甚至空中战舰将整个世界初始之树团团包围。

小智一行人在雷吉洛克的纠缠下无法隐藏。

很遗憾，火箭队第一个发现的就是他们。