关于冈仁波齐神秘事件的传说，流传最广的、也最不靠谱的是金字塔之说。网传，俄罗斯穆尔达舍夫教授于1999年带领俄罗斯科学家探险队来到西藏。通过调查研究，他们发现冈仁波齐峰的顶部实际上是一个巨大的人造金字塔，且被100多个小金字塔和各种纪念碑所环绕，它们所朝向的方向，均是中心塔——冈仁波齐山。他们初步估计，金字塔建筑群的直接高度在100-1800米范围内，相比之下埃及金字塔仅有146米，可谓是小巫见大巫。此外，这个建筑群可能是连接其他超自然现象古迹或遗址的世界性系统中心。穆尔达舍夫教授率领的科学家们推测，冈仁波齐建筑群正是历史传言中的众神之城，由先进文明建造，安装了能量场设备和时间控制设备。当年纳粹分子来西藏寻找的，就可能就是这个时间机器。但该说法一经发布，立即遭到了国内外很多专家的反驳。反驳的理由之一，便是苏联于1991年解体以后，俄罗斯经济社会一塌糊涂，不太可能有富裕的钱和多余的精力搞探险。这个理由也并不是全无道理。

《海奥华预言》这本书中多次提到了西藏的冈仁波齐神山。曾经，有一位女子自称来自金星，在世界UFO大会上，这名女子讲述了自己从金星来到地球的传奇经历，她来到地球的第一站就是西藏这座神山。

第二个神秘事件是时间加速之谜。1999年的这支俄罗斯探险队，有4名探险队员先后离奇死亡。据传言，他们在攀登冈仁波齐峰的过程中，发现身体衰老得非常快，好像时间流速被百倍加快了似的。这种说法并非仅此一例，其他人也说过冈仁波齐峰上的一天，等同于其他地方的一周时间。因为在冈仁波齐峰上，头发和指甲的生长速度明显加快。这使得登山者们怀疑冈仁波齐峰上存在着某种神秘能量场，影响了时间的流速。

第三个神秘事件是万字符之谜。传说，印度教三大主神之一的湿婆曾在冈仁波齐修行。湿婆颈间缠着一条眼镜蛇，冈仁波齐峰上的一圈横向沟槽，便是那条眼镜蛇缠绕在山峰上所留下的痕迹。而竖向沟痕则是佛教尊者米拉日巴与苯教弟子那若本琼，为争夺神山斗法时而留下的。当年，佛教尊者米拉日巴和苯教大法师若本琼斗法，双方约定在十五月圆那天天亮前，率先到达冈仁波齐峰顶者为优胜。太阳升起以前，苯教大法师那若本琼站在一面石鼓上抢先飞向峰顶，佛教尊者米拉日巴则选择御光而上。结果，第一缕阳光瞬间照亮了冈仁波齐峰，御光而上的佛教尊者米拉日巴，自然而然后来居上，抢先到达峰顶。苯教大法师那若本琼被惊得从半山顶上摔落下来，石鼓划过山壁留下了那道深深的竖向沟壑。从此以后，冈仁波齐峰上便出现了万字符。