1948年，中研院首次评议和选举出中国历史上第一批院士，共有包括华罗庚在内的81名院士，分为数理、生物、人文3组，开创国内院士制度先河。

1948年冬，因战争缘故，8名院士以及部分机构的图书和科研设备被ROC方面抢运赴台。

1949年4月23日，金陵解放；5月27日，浦江解放。

实际上，民国学界可谓派系林立。不仅因不同留学国别造成留日、留美、留欧之间的派别，国内不同学校毕业也有其派别。时人批评说，在中小学则有某大学派，某师范派，在大学则有英美法德日等派，派别之中，复有以地域而分化为小派别者，名目繁多，不胜枚举，“留英美派”与“留法派”的冲突只是最明显、最知名的一部分。

派系的权力虽然无形，其影响却超过了校长的权力。

然而，从后来的历史发展来看，此后的很长一段时间里，这种冲突的余波仍未消散。

以上为新中国成立之前的情况，以下为新中国成立之后的情况——

据《竺可桢日记》记载，出自清华的钱三强起初其实“极不赞同”华罗庚出任所长。但在筹备数学所的过程中，钱三强等人逐步转变了看法。

华罗庚回国后，很快就有华罗庚想当所长的传言，尤其是从清华大学传出华罗庚“胃口太大”的风言风语，甚至被批判为“政治上的骗子，学术上的商人”。

1950年12月23日，华罗庚主持中科院筹备处会议，正式推举华罗庚出任所长。

最晚1951至1952年，华罗庚在一些人眼里就成了问题人物。由于他曾加入KMT，并受到常凯申的召见，在一些人看来这都是重大的“政治历史问题”，因而被作为重点对象受到了很不公正的批判。

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1952年，他参加筹建中国科学院数学研究所的工作，并在数学研究所从事数学研究。

1952年8月起，华罗庚的工资关系转到中科院，与清华大学脱离了关系。

1954年，中国科学院（本作简称：中科院）成立，下设数理及化学学部、生物学地学学部、技术科学学部、哲学社会科学学部等4个学部，并在之后评定了包括华罗庚在内的新中国第一批“学部委员”。

1957年后，华罗庚在中科院数学所被边缘化。

期间，关肇直担任数学所的副所长，并兼任中国数学会秘书长，成为数学所和数学界的实权人物。

值得一提的是，关肇直长期认为华罗庚有强烈的资产阶级个人主义，热衷于追求个人名利，是中国数学界的大学阀等等。在学术上，关肇直不仅批评华罗庚从事纯粹数学研究是理论脱离实际，甚至认为其学术水平停滞不前、知识老化等等。在这一年之后，两人矛盾公开化，加上本来就对华罗庚有成见的一些人推波助澜，华罗庚的处境日益困难。