花剌子模士兵虽然人数众多，但大部分是刚征集而来，战斗力弱。很快就不敌蒙古骑兵的猛烈进攻，纷纷往城墙下面跑。蒙古骑兵遵照成吉思汗命令，为防止敌军埋伏，也不追高，而只是剿杀城墙上的花剌子模残军，然后全面占领城墙。

成吉思汗这时也通过攻城云梯进入城墙，此时天色已晚，城内一片寂静，就像空城一样，城内守军和百姓一样，都躲在家里不敢出来。

成吉思汗命令士兵搬走堆放在城门的巨石，让重兵器车兵把放弩车和抛石车搬运至城墙上。同时命令后勤步兵封锁哥疾宁城四道城门。

随着成吉思汗一声令下，蒙古放弩车开始攻击哥疾宁城城内房屋。成千上万支火箭射入城内，不到一个时辰，整个哥疾宁城便成一片火海。成吉思汗又命令抛石车攻击城内，无数块石头像雨点一样落在城内房屋上，那些正在燃烧的房屋很轻易的被砸毁了。