但这一切在万历帝死后都变了。泰昌元年，明光宗即位，给事中姚宗文、兵部主事刘国缙开始腾舌诽谤，因私怨倾轧熊廷弼。

随后，姚、刘二人又鼓动一伙人起来攻击，非使熊廷弼去职不可。于是，御史顾慥、冯三元、张修德，给事中魏应嘉，借蒲河失守大肆攻讦。

熊廷弼无奈又伤心，缴回尚方宝剑，上疏请辞，天启帝允准。

接着，在天启元年不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，袁应泰畏罪自杀，辽河以东全部沦为后金所有。此时，朝廷里大臣们又想起了熊廷弼。

熊廷弼再度被启用，但东林党又推了王化贞作巡抚。经抚不和，意见相左，以至到了现在这个局面。

在被排挤、攻讦、分权的时期，熊廷弼很是怀念万历皇帝，怀念被皇帝无保留地支持信任的时光。