谁知奥创认为想要和平，就必须消灭人类和复仇者联盟，奥创纪元危机爆发。

托尼和复仇者们再次集结，对抗奥创，在战斗中，托尼还分神，控制自己的机甲无人ai控制军团对抗奥创军团，并最终取得了胜利，阻止住了奥创毁灭地球人类的阴谋。

但是，由于复仇者联盟的几次行动给各个国家带来巨大的损失，受迫于各国压力的联合国，出台了索科维亚协议。

在索科维亚协议中，规定了复仇者联盟必须接受联合国的管理和监控。

担心自已人身权利的复仇者联盟内部,因为是否签协议起了争执，托尼虽因为研发奥创间接引发了索科维亚大战，产生愧疚。

但奥创军团的失败以及自已的机甲无人ai控制军团成功，还有过去在身上所发生的种种一切，让托尼意识到，他们不能接受签署协议。

于是托尼决定站在反对签署协议的一边，而随着时间问题，让托尼他与支持签协议的美国队长之间分歧越来越大，最终因为赫尔穆特·泽莫炸毁联合国会议室的问题，而引发了复仇者联盟的内战。

莱比锡机场大战之后，凭借着机甲无人ai控制军团，而胜利的托尼，虽得知冬日战士受到了诬陷，美国队长的目的应该是正确的，但不愿就此认输的托尼，在心底里过意不去。

托尼便来看望战斗失败，而被他关押的支持签署协议的英雄们，之后从猎鹰山姆处知晓了美国队长和冬日战士的位置,他匆忙拿上雷霆之剑,想赶到西伯利亚,和美国队长、冬日战士一起探寻九头蛇组织的旧基地，挫败赫尔穆特·泽莫的阴谋。

但是也正如此，托尼还是和美国队长、冬日战士中了泽莫的计策。