嘉靖停灵二十七天，大葬至早已修好的陵墓之中，是为永陵。

这些日子当中，朱载坖的办公之处便是西苑。

虽然是同一处地点，但是朱载坖与嘉靖完全不同。并非懒政之人。但朱载坖也不是事必躬亲，而是适当的放权下去，给各部尚书相当大的权力。许多事情尚书自己便可作主，而后上报内阁再行补批。

这样做的好处，便是不让内阁专权。而为了制衡尚书们乱用职权，又给予了阁臣们的制止之权力。

如此一来，内阁便可对于六部事物及时喊停，形成互相制约。若是双方互不退让，才由朱载坖出面决定。

除此之外，朱载坖还成立了两大学院。一为格物书院，由刘教谕为山长，使之教授物理化学数学几何等学科。其下，还设有航海书院，传授航海的学问。

他还将刘教谕的品级提到了从四品，与国子监祭酒相同。

除了格物学院，朱载坖还建立了大明皇家军事书院，亲自为第一任山长。