他所探测到的事例数只有理论预言值的三分之一。这种理论预言的事例数与实验不一致的问题后来被称为“太阳中微子难题”，更流行的说法“中微子失踪之谜”。

为了解释太阳中微子难题，人们曾提出来3种可能的方案。

第一种方案认为理论计算也许有问题，可能在两个地方出了错：或者太阳模型存在问题，导致理论所预言的太阳中微子数量不对，或者计算出来的产生率有问题。

第二种解释认为或许戴维斯的实验出了错。

第三种方案是最大胆的一种，也是讨论最多的一种，它认为太阳中微子本身在从太阳到地球穿过宇宙空间的过程中发生了变化。

在接下来的20年中，许多人又重新仔细计算了太阳中微子的产生数量。计算所用的数据精度在不断地提高，得出的结果也更加准确。

最终发现，从太阳模型得出的中微子数量和对戴维斯的实验装置所能探测到的中微子事例数的计算都没有明显的错误。

与此同时，戴维斯提高了实验精度，并进行了一系列不同的测试来确认他并没有忽略某些中微子。

在他的实验装置上面也没有发现什么错误。实验与理论不一致的问题仍然没有得到解决。

前面提到的第三种解释是由前苏联科学家布鲁诺·庞特克威和弗拉基米尔·格利鲍夫在1969年提出的。

这种想法认为中微子的性质并不像物理学家原先想象的那样简单，中微子可能具有静止质量并且不同类型的中微子可以相互转化，后者即所谓的中微子振荡。

这一想法最初被提出来时，并没有得到大多数物理学家的接受。但是随着时间的推移，越来越多的证据开始倾向于中微子振荡的存在。这是一种超出了标准模型框架的新物理。

1989年，在第一个太阳中微子实验结果发布20年以后，一个由小柴昌俊和户塚洋二领导的日美实验组（神冈合作组）报告了他们的实验结果。他们在巨大的探测器内装满纯水，用以探测水中的电子与来自太阳的高能中微子之间的散射率。