肉毒杆菌现有2种生物分型方法，根据所产毒素的抗原性差异，肉毒杆菌家族分为a、七个亚型。根据生理学特征，可分为蛋白分解高株和非蛋白分解菌株。前者包括a型及某些b、f型肉毒杆菌；后者包括b型及部分e、f型肉毒杆菌。

通常，肉毒杆菌在有氧环境中、低于4°c或h45条件下不生长。只有在厌氧、低盐、偏酸的特殊条件下，才可生长繁殖并产生肉毒毒素。其中，具有蛋白分解功能的肉毒杆菌最适产毒培养温度为37°c，不具有蛋白分解功能的菌株最适产毒培养温度为30°c，甚至在3~4c的低温条件下也可产生肉毒毒素。