降清后，耿仲明多次跟从出征，从未跟孔有德分开过，这次分开，竟隐隐产生了一股不祥的预感。

至江西吉安时，这预感竟被证实了：刑部上奏耿仲明的部下梅勒章京陈绍宗等放纵自己的部下私自藏匿逃人三百有余，触犯逃人法，论罪当杀，多尔衮询问耿仲明，严令稽查。

耿仲明不知多尔衮已给以宽大处理，陈绍宗等人也免了死罪，越想越怕，竟于檄文到达的前一天晚上畏罪自杀。

多尔衮无奈，只得由其子耿继茂接任，两路大军同归平南王尚可喜节制。

尚可喜军威大振，一路势如破竹，望风归降，抵达广州后，南明两广总督（原李成栋麾下副将）杜永和拒绝投降，尚可喜等围困十个月之久仍不能破城。

负责守卫西外城的范承恩，最初为李成栋军旗鼓，从松江接李成栋家眷，至南昌，被王得仁留下数月才到广东，反正后授都督同知总兵，封阳春伯，因记恨杜永和于班中呼之“草包”降清，城始破。

尚可喜斩首六千余级，把余下的人逐到海边，溺死者无数，又尽歼广州少壮男子 ，死者七十余万，史称“庚寅之劫”。

闻知何腾蛟殉国, 瞿式耜禁不住扼腕叹息，亲自兼任督师，陆续收复了靖州、沅州、武冈、宝庆等府县，但是，瞿式耜很快就不得不正视这样的现实：

朝廷里的争权夺利已经到了无以复加的地步，为了一己之私利，纷纷插手军队，只要手里多少有了点儿兵，不去想着怎么收复失地，只管相互猜忌倾轧，有的甚至企图牵制瞿式耜。

受其影响，军队更是各自为战，不听节制，原何腾蛟手下的大将郝摇旗，因得不到朝官的青睐，一气之下率部去了夔东，余者驻城的不战而逃，兵溃后的抢掠却肆无忌惮。