第13师团排在最后，于6月17日凌晨1时开始回撤，当天上午7时撤到宜昌以东约10公里的土门垭。国府军队则乘东瀛军撤退时，沿途予以反击。第18军尾追第13师团，于17日晨收复宜昌。

本次会战中，在第11军发出撤退命令的前后，东瀛方面从前线司令官们到大本营，对是否要确保占领宜昌又进行了激烈的争论。

当时，德国正向西欧大举进攻。凑巧的是，恰在6月12日东瀛军占领宜昌的同一天，德军占领巴黎，世界形势正发生着剧烈动荡。在这种形势下，东瀛军政当局更迫切希望尽快解决华夏问题，以便腾出手来参与世界范围的角逐。

东瀛军统帅部和“华夏派遣军”中的许多人主张确保对宜昌的占领，可给山城国府以更大的威胁，有利于推进政治谋略，从而也就有利于及早解决华夏问题，战略价值极大。

此一看法亦打动了裕仁，使之于6月15日的御前会议上询问陆军是否可确保宜昌?有了“裕仁圣喻“的撑腰，东瀛陆军高层当即坚定了长期占领宜昌的决心。于是，东瀛军参谋本部于6月16日发出暂时确保宜昌的命令，期限暂定为1个月。

这一命令经过“华夏派遣军”总司令部、第11军转达到各师团的时候，走在最后的第3师团已撤出宜昌52公里，于是第3师团在骑兵第17大队、山炮兵第19联队配合下，调转头来再次向宜昌突进，冲破国府军队的阻击，于6月17日下午重新占领宜昌。枣宜会战就此结束。

枣宜会战再一次显示了东瀛军的战力远胜此时的国府军队，如果没有伍伺仁派出部队助战，这次战役肯定又是一场大败，要知道这次战役国府方面可是投入了约54个师兵力，大约38万人，远超东瀛方面的12万人！毫无疑问，凭借眼下华夏军队的实力只能被动防御，与东瀛僵持！