早在原始社会时期，就有先民在此生活，从故城中发掘出的残存陶片，即可证明车师人已从原始狩猎、采集的生活方式，逐步过渡到定居和农业生产的基本格局。故城的建筑布局别开生面，独具一格。

交河故城建造于公元前2世纪至5世纪，是古代西域三十六城郭诸国之一车师前国都城，是该国政治、经济、军事和文化中心。

故城边上，一条河流环城而过，自然形成了城河，从远处望去十分壮观。在唐朝时，西域最高军政机构安西都护府，最早就设在此交河城，使交河成为当时整个西域的中心。

这座城堡的位置十分显要，处于丝绸之路的必经之地，且易守难攻，是历代王朝镇守西域，遏守丝绸之路的一座军事重镇。

9世纪之后，因为战争的侵袭，交河逐渐退出了历史舞台，13世纪末，与高昌城一起被废弃。

14世纪蒙古贵族海都等叛军经过多年的残酷战争，先后攻破高昌，交河。同时蒙古统治者还强迫当地居民放弃传统的佛教信仰改信教。精神与物质的双重打击下，交河终于走完了它生命的历程。