另一方面，命吴孟明率领锦衣卫将陈家包围，严密搜查，宫中的手谕，一概抄出，马上密封，倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，从严治罪！

吴孟明害怕查抄不，被崇祯疑心，惹祸上身，又担心曹化淳嫉妒，于是恳求崇祯命曹化淳一同前去，崇祯也有点不放心，同意了吴孟明的要求。

当夜二更，曹化淳和吴孟明带领人马闯入陈宅，将陈新甲的妻妾、儿子和重要奴仆数拘捕，逼他们道出收藏重要文书的地方，果然，在一口雕花樟木箱子里找到了部密诏。

二人严密封好，连夜送往宫中。

崇祯支开二人和宫女太监，一封封捡看，心里悔恨交加，这的确是他的手迹，没想到陈新甲竟然还留了一手，简直是用心险恶！

接下来的一段日子，以首辅周延儒为首的诸多朝臣，上疏救陈新甲，毕竟局势已经烂到了极点，不仅对满洲无任何良策，中原又快速沦限，值此国难之际，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，会使知兵的大臣从此寒心，视兵部为危途。

而且明眼人都能看出，对满洲和议是出自上意，陈新甲只是秉旨办事，随着局势的面恶化，很多人认清了国家将亡的现实，连国都要没了，还谈何气节，已经不再认为和议是丧权辱国，倘若崇祯对陈新甲从轻发落，虽然仍会有言官上疏争论，却也左右不了大局。

只是崇祯痛恨陈新甲在疏奏中的奉旨行事，虽然奏疏被留中，可以销毁，可是让陈新甲活下去，就形同于默认了陈新甲确是遵照密旨行事，同时陈新甲还有可能道出事件的曲折经过，所以在朝议时，多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，此人留不得。

虽然刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，陈新甲都没有可死之款，崇祯急了，将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫，地上跪了一片。

崇祯厉声问道“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审，不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗于不顾，三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”

刑部尚书战栗说“请陛下息怒，臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪，故臣等无法为陈新甲拟罪。”