后来金陵被围，李煜投降，无奈之下，他也归顺了朝廷。对于这个江南的柱梁将才，最后一名大将，刘皇帝听过其名声，也很感兴趣，还亲自接见了此人。

经过一番考察后，对他表示赞赏，并让他到东海水师中任职。降将的日子一般来说都不好过，不过大汉帝国素来包容，林仁肇又受到了皇帝的褒奖，自然感动异常，思想转变得很快，在到东海水师立刻摆正了身份位置，尽忠职守。

并且与一般的江南降臣降将不同，他本来是闽国人，南唐灭闽之后，归顺效忠，待天下一统，自然也不会过于怀念那被消灭的割据小政权。

由于出众的带兵能力，以及勤恳表现，这些年林仁肇在融入大汉水军的同时，也升职加官，除水军军职外，还兼领莱州都指挥使。不过，他也需要一个证明自己忠心的机会，在这一点，比起郭廷渭更加期待迫切，因而北伐正合其志。

因此，当耶律海再度出击后，面对是久经训练的莱州水兵，林仁肇统率多年，几乎如臂驱使，再加上他出色的指挥才能。

前夜才遭败绩的耶律海再度受挫，付出了近千人的伤亡后，无奈后撤，又一次缩回了苏州城内。

接下来战事的进展，就按照汉军过去的节奏，按部就班地进展了，在肃清南部残敌之后，水陆合击，兵压州城，在经过两日的休整，与周密的部署准备后，汉军向苏州城发动了进攻。