但是好景不长，盘龙阁寺建立之后，没过多久就开始洪水泛滥。

大水淹过了山头，平顶山脚下的百姓被迫迁离，没了百姓香火供奉，这盘龙阁寺也就荒废了。

直到元末明初，明太祖朱元璋明遣上将徐达北伐，驱除元虏，在辽东以及溪源市设立辽东都指挥使司东宁卫，带领当地百姓致富，贩卖山货皮草，至此平顶山麓又恢复生机。

百姓们感念当年玉皇庙的遗德，便在玉皇庙的旧址上修建了新庙。

崇祯三年，东北全真龙门道教祖师郭守真年少游历于此，悟得了邱祖所言的“心即是道，道即是心，心外无道，道外无心”的境界。

便在铁刹山八宝云光洞，开宗立派成为一代宗师。

然而好景不长，明末动荡

很快奴儿哈赤所主导，延续到皇太极时期的辽东之屠蔓延到了平顶山山麓，旗兵所到，汉族男子一个不留，而女性充军作为两脚羊，以供残暴的八旗兵将鱼肉

而玉皇庙再次毁于战火。

随后平顶山爆发大水，淹死了作恶的八旗兵将无数。

没了玉皇庙的平顶山数百年间屡发大水。一九六零年的时候大水再次泛滥，险些把新中国成立后的溪源市整个吞没。

后来百姓们集资，依照祖宗先例在山上原址修建了玉皇庙，这每年来的洪水才得以平息。

而政府也在太子河上游修建水库。

一九六六之后，很多破除四旧的红卫兵，拿着红缨枪冲进了玉皇庙，推到了神像和石碑。

打败了一切牛鬼蛇神。

结果在玉皇庙后面的石室当中发现了一口拴着锁链的古井。

古井上面结满了青苔，一根粗大的铁锁紧紧拴在上面，幽邃的井口深不见底，偶尔传出瘆人的低鸣。

红卫兵们不信邪，誓要打破一切牛鬼蛇神，于是开始拼命的拽铁链子，结果井底龙啸不停，开始泛起滚滚黑水，腥臭之气弥漫数里，终于这些孩子害怕了，纷纷逃命。

这玉皇庙才得以保全。